Agen diagnostik adalah bahan yang sama ada organik atau bukan organik digunakan dalam banyak kaedah yang berbeza siasatan untuk mendiagnosis penyakit. agen diagnostik yang digunakan dalam pengimejan adalah sama ada radioisotop atau agen kontras radiologi yang boleh diberikan melalui pelbagai laluan seperti oral, suntikan, saluran kencing dan rektum. Bahan-bahan ini boleh digunakan untuk menilai fungsi organ-organ yang berbeza dalam badan. Selain daripada itu, agen diagnostik lain termasuk media budaya atau agar digunakan sebagai asas untuk berkembang bakteria tertentu. Kaedah ini digunakan untuk mengenal pasti bakteria yang menyebabkan jangkitan tertentu. Contohnya adalah agar darah, coklat agar, agar anaerobik, dan agar acetamide. Beberapa agar khusus untuk jenis tertentu organisma. Pencelup dan pewarna juga digunakan sebagai mikrobiologi agen diagnostik untuk mengotorkan mikroorganisma seperti bakteria, kulat, dan parasit dan juga tisu noda untuk dilihat di bawah mikroskop.